Historia muzealnictwa w Myślenicach rozpoczyna się w okresie dwudziestolecia międzywojennego ubiegłego stulecia. Wraz z odzyskaniem przez Polskę niepodległości, zaczęto doceniać lokalne wartości jakie niesie historia, tradycja i kultura danego regionu, w kształtowaniu tożsamości narodowej społeczeństwa. W całej Polsce powstawały inicjatywy bazujące na tych właśnie wartościach.
Również w Myślenicach z inicjatywy czwórki działaczy- Emila Kubali, Stefana Bałuka, Tadeusza Prusa Wiśniowskiego i Marii Osobliwej, w dniu 19 października 1929 r. powołano Muzeum Regionalne Ziemi Myślenickiej. Prezesem nowej placówki został Emil Kubala, rozmiłowany w gromadzeniu wszelkich archiwaliów i tworzeniu fotograficznej dokumentacji Myślenic. Sekretarzem został Stefan Bałuk, zajmujący się pozyskiwaniem nie tylko przedmiotów kultury materialnej ale także – jako znawca i miłośnik przyrody – cennych okazów lokalnej flory i fauny. Gospodarzem zaś powstałego muzeum został dr Tadeusz Prus-Wiśniowski – krajoznawca, etnograf i ludoznawca. To samo grono założyło równocześnie myślenicki oddział Polskiego Towarzystwa Krajoznawczego łącząc idee obu instytucji, których działalność wzajemnie się uzupełniała. Punktem łączącym wszystkich było zainteresowanie turystyką i krajoznawstwem, a zwłaszcza historią i zabytkami kultury materialnej.
Jak określano na plakacie obwieszczającym powstanie muzeum, jego celem było:
„… zbieranie wszelkich rzeczy, które dałyby obraz życia naszej ziemi,
a więc: płody ziemne jak rośliny, zioła, typy naszych zbóż, okazy drzew,
charakterystyczne dla naszych okolic minerały, jak piaskowiec, skamieliny geologiczne …
nadto okazy zwierząt podkarpackich: ptaków, płazów, owadów … „
Zgromadzone w tamtym okresie zbiory eksponowane były w jednym z pomieszczeń Wydziału Powiatowego w Myślenicach – Rynek 8/9 (obecnie siedziba samorządu Gminy Myślenice). Niestety czasy okupacji niemieckiej sprawiły, że zbiory uległy rozproszeniu i zniszczeniu. Idea jednak pozostała.
Po zakończeniu działań wojennych, 20 sierpnia 1946r. reaktywowano Oddział Polskiego Towarzystwa Krajoznawczego w Myślenicach. Jego członkowie, oprócz działalności o charakterze turystyki krajoznawczej, podjęli również ideę reaktywowania Muzeum Ziemi Myślenickiej. W tworzenie na nowo myślenickiej placówki muzealnej, szczególnie zaangażował się mgr Franciszek Gędłek, ówczesny działacz PTK i PTTK, wcześniej adwokat i sędzia myślenicki z lat 30-tych XX w. On to nawiązał współpracę z nauczycielami lokalnych szkół z jednej strony, oraz pracownikami Muzeum Etnograficznego w Krakowie z drugiej. Ogłoszono pierwszą akcję zbierania pamiątek świadczących o historii i kulturze regionu. Jej efekty pokazano w 1947 r. na wystawie w sali obrad Powiatowej Rady Narodowej w Myślenicach. Zbiory te stały się podwalinami obecnego muzeum.
W 1950 r. Powiatowa Rada Związków Zawodowych udostępniła lokal w Domu Parafialnym przy ul. 3 Maja 1a na cele muzealne. W trzy lata później, 10 maja 1953 r. nastąpiło otwarcie Muzeum nad którym patronat objął Oddział PTTK w Myślenicach. Pierwszą wystawą było „Malarstwo Zalipia”, wystawa w opracowaniu prof. Tadeusza Seweryna.
W 1972 r. działalność Muzeum została zawieszona z powodu remontu budynku mieszczącego placówkę. Zbiory zostały zmagazynowane, a siedzibą Muzeum stał się lokal PTTK. W tym samym roku rozpoczęto remont pozyskanego przez państwo historycznego budynku zwanego”Dom Grecki” w Myślenicach przy ul. Sobieskiego 3. Remont prowadzony był pod ścisłym nadzorem z funduszy Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków w Krakowie. Przeznaczeniem tego dawnego zajazdu miało stać się muzeum. Zanim jednak to nastąpiło, zbiory ponownie eksponowane były w odremontowanych pomieszczeniach przy ul. 3. Maja 1a, gdzie otwarto Miejskie Sale Wystaw Artystycznych.
Zarząd Oddziału PTTK w Myślenicach w dniu 11 lutego 1975 r. podjął Uchwałę o przekazaniu zgromadzonych zbiorów muzealnych na rzecz miasta. 1 lipca 1975 r. Uchwałą Miejskiej Rady Narodowej powołano Państwowe Muzeum w Myślenicach. Zadaniem nowo powstałej placówki było między innymi przejęcie i opracowanie zbiorów Muzeum PTTK. Ostateczne przekazanie ich nastąpiło w październiku 1976 r. Zbiegło się to w czasie z oddaniem po remoncie „Domu Greckiego”, gdzie rozpoczęto przygotowanie stałych ekspozycji. Prace te trwały prawie 3 lata. Ekspozycje otwarto 19 lipca 1979 r. Urządzone zostały trzy wnętrza mieszczańskie w stylach z XIX w. oraz wystawa etnograficzna prezentująca kulturę ludową regionu myślenickiego.
Obecnie Muzeum jest placówką samorządu Myślenic.
Dotychczasowa siedziba muzeum przy ul. Sobieskiego 3 (Dom Grecki) od 2003 roku, jest własnością prywatną. W związku z tym Samorząd Gminy Myślenice podjął decyzję o budowie nowego obiektu z przeznaczeniem na prowadzenie działalności muzealnej.
Z dniem 21 stycznia 2017 r został zmieniony statut instytucji, a muzeum przybrało nazwę:
Muzeum Niepodległości w Myślenicach
Dokładnie 11 grudnia 2017 roku wbito pierwszą łopatę rozpoczynającą prace ziemne przy budowie nowego obiektu. W niespełna rok później, 10 listopada 2018 r. otwarto Muzeum w nowej siedzibie w Myślenicach przy ulicy Traugutta 11. Otwarto wówczas ekspozycje historyczno-etnograficzną bazując na zgromadzonych wcześniej zbiorach.
Tworzenie nowych wystaw stałych i wyposażanie muzeum planowane jest na lata 2019 – 2022. Mają powstać w tym czasie ekspozycje dotyczące walki zbrojnej głównie okresu I i II wojny światowej, dążeń niepodległościowych począwszy od I rozbioru Polski po okres PRL-u, jak też ekspozycje obrazujące życie ludności naszego regionu w tamtych latach aż po najnowszą historię.
opr. Bogusława Górka